1989. razvedena Madona izdaje novi album, Like a prayer (Kao molitva). Kao jedna od najvećih zvezda, potpisala je ugovor sa Pepsijem da se pojavi u reklami i da peva pesmu Like A Prayer. Dobila je 5 miliona dolara i snimila reklamu. Dogovorili du se da će Pepsi sponzorisati i sledeću turneju. Ali, kao i uvek, Madona je i sada morala da zaprepasti javnost. Spot za pesmu Like A Prayer, režisera Mary Lambert, bio je nešto najšokantnije što je Madona uradila do tada. Spot je izazvao najveće kritike katoličke crkve. U spotu, Madona prisustvuje ubistvu jedne devojke. Devojku su ubili belci, ali kako je jedan crnac prišao da pomogne devojci, policija je njega uhapsila. Madona se zatim ljubi sa svecem, igra na polju se zapaljenim krstovima i ima rane na rukama kao Isus Hrist. Celu pesmu, za koju se tvrdi da je najbolja u celoj njenoj karijeri, prati crnački hor. Mnoge verske grupe su kritikovale ovaj spot pa je Pepsi povukao reklamu ali Madona je zadržala svojih 5 miliona. Na MTV muzičkim nagradama, Like a Prayer je proglašen za spot godine.
Pored Like A Prayer, izdvojile su se pesme Express Yourself i Cherish. Iako je Sean Pennu na predhodnom albumu posvetila ljubavnu baladu, na ovom mu je napisala satiričnu pesmu o bračnom paru koji se stalno svađa i tuče, Till Death Do Us Part (Dok nas smrt ne rastavi). Pored Madone, album su producirali stari saradnici Stephen Bray i Patrick Leonard a Love Song je producirao Prince, sa kojim je Madona u prošlosti imala kratku ljubavnu vezu. Album je prodat u 15 miliona primeraka.